Vid en rektoskopi använder läkaren ett rörformat plastinstrument för att undersöka ändtarmen. Man för in instrumentet ca 15–25 cm in i tarmen. Ett förstoringsglas i yttre änden gör att läkaren kan se slemhinnan. Undersökningen kan visa om slemhinnan är inflammerad, om det finns sår, hemorrojder, polyper eller andra förändringar.

För att läkaren ska kunna se slemhinnan brukar man få förbereda sig inför undersökningen genom att ta ett litet lavemang som kallas för Klyx någon timme innan besöket.

Vid undersökningen ligger man på vänster sida med knäna uppdragna mot magen. För att lättare kunna inspektera slemhinnan blåser läkaren in luft för att vidga tarmen. Detta kan kännas lite obehagligt men brukar inte göra ont. Undersökningen tar bara ett par minuter.

Vid en proktoskopi används ett kortare rör för att inspektera området precis innanför ändtarmsöppningen. Då kan läkaren upptäcka och behandla eventuella hemorrojder.